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Description originale:

• Boulenger, George Albert. 1898. "Report on the collection of fishes made by Mr. J. E. S. Moore in Lake Tanganyika during his expedition 1895-96". Transactions of the Zoological Society of London. pp. 1-37 (crc00006).

Espèce type: Tropheus moorii Boulenger, 1898 (monotypie).

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Espèces décrites (6):

valide: 4 sous-espèce: 1 Synonyme: 1
• Tropheus moorii Boulenger, 1898 (valide)
• Tropheus annectens Boulenger, 1900 (valide)
• Tropheus duboisi Marlier, 1959 (valide)
• Tropheus brichardi Nelissen & Thys Van Den Audenaerde, 1975 (valide)
• Tropheus moorii kasabae Nelissen, 1977 (sous-espèce)
• Tropheus polli Axelrod, 1977 (Synonyme)

Espèces potentielles non décrites (4):

• sp. 'black'
• sp. 'ikola'
• sp. 'mpimbwe'
• sp. 'red'